Konsentrasi-konsentrasi di PMTS FTSP UII diarahkan menuju pada ciri khas program studi, Ciri khas tersebut selanjutnya akan mengarah pada kompetensi spesifik yang merupakan keunggulan yang unik/khas. Keunggulan konsentrasi-konsentrasi yang ada di PMTS FTSP UII adalah implementasi dari Visi Universitas, Fakultas, Program Studi. Keunggulan yang dimaksud didukung secara penuh oleh sistem yang sudah mapan. Sistem yang dimaksud adalah Sistem Penjaminan Mutu, Sistem Informasi Akademik dan Sistem Tracer Study. Hal itu semua sesuai dengan salah satu pilar dari Visi UII yaitu menuju kesempurnaan/keunggulan.
Ciri khas konsentrasi-konsentrasi pada PMTS FTSP UII yang sekaligus menjadi keunggulan program adalah:
1. Manajemen Konstruksi
Konsentrasi di jenjang Magister lulusannya diarahkan pada penguasaan manajemen perencanaan, pelaksanaan dan pengendalian konstruksi berbasis manajemen risiko (risk management)
2. Teknik Struktur
Konsentrasi di jenjang Magister lulusannya diarahkan pada kompetensi bidang dinamik dan kegempaan untuk disain Bangunan Tahan Gempa.
3. Rekayasa Kegempaan dan Managemen Kebencanaan
Konsentrasi di jenjang Magister lulusannya ditekankan pada penguasaan terhadap pengurangan risiko bencana (risk reduction), khususnya bencana alam gempa bumi.
4. Perencanaan dan Teknik Transportasi
Konsentrasi di jenjang Magister lulusannya diarahkan pada kompetensi bidang angkutan umum jalan darat. Perancangan angkutan umum harus dikaitkan dengan jaringan jalan, sosial ekonomi budaya, dan pengembangan wilayah suatu kawasan dengan memperhatikan kelestarian lingkungan.
5. Manajemen Transportasi
Kompetensi lulusan Manajemen Transportasi diarahkan pada lulusan yang mempunyai wawasan yang berkepribadian, mampu mengelola komponen-komponen transportasi, dapat bekerja sama dengan disiplin ilmu lain, dan mampu melakukan penelitian yang berorientasi untuk pengembangan ilmu dan inovasi baru terutama di bidang manajerial transportasi.