Pelaksanaan wisuda lulusan PMTS UII dilakukan sesuai dengan jadwal wisuda Universitas Islam Indonesia Yogyakarta yang diselenggarakan setiap dua bulan sekali (enam kali dalam satu tahun akademik). Untuk keperluan tersebut, calon wisuda harus mendaftarkan diri pada secretariat Universitas dengan kewajiban membayar biaya wisuda di luar biaya studi yang besarannya ditentukan oleh Universitas Islam Indonesia Yogyakarta.